Il existe de nombreux frontaliers qui n’ont pas opté pour un des deux régimes avant la fin des 3 mois. Ils sont donc automatiquement affiliés en Suisse mais continuent pourtant de cotiser en France du fait du délai non respecté. Dans cette situation et par deux arrêts du 15 mars 2018, la Cour de cassation a pris position : les frontaliers français assujettis de plein droit à la sécurité sociale suisse du fait de leur emploi en Suisse doivent être radiés en France dès qu’ils en formulent la demande. De plus, pour les frontaliers concernés par cette situation et qui sont affiliés aux deux régimes, ont la possibilité de demander le remboursement des cotisations trop versées à la CPAM depuis 2016. Actuellement, les remboursements n’ont pas encore eu lieu.
Le travailleur frontalier a le choix quant à son affiliation à la sécurité sociale. Il peut opter pour la Couverture Universelle Maladie, dispositif frontalier (CMU) en France ou s'affilier en Suisse sous le régime de la Loi fédérale de l'assurance maladie (LAMal).